YFWu's Blog

論文工具鏈

我現在的論文閱讀工具鏈：

  • 搜集：瀏覽器的 Readcube plugin 可以添加當前頁面到其資料庫
  • 閱讀：使用 Readcube 閱讀並管理文獻列表
  • 離線：
    • 下載列表為 BibTex 檔案
    • 若列表檔案已存在，則使用 Emacs 添加新增內容
  • 摘要及整合
    • 使用 Obsidian citation plugin 將論文條目加入筆記中

Readcube

Readcube 是一套論文管理軟體，其競爭對手包含知名的 Endnote 以及其他如 Mendeley 或 Zotero 等。我大約是自 intern 起便開始使用，不過所管理的論文經過很多次的清理。幾個特性，安利如下：

  • 身兼「管理」和「筆記」兩大功能；在自動更新 metadata 方面應該是業界最強。
  • Enhanced PDF 模式非常好用，可以在本文跟 references 之間跳躍。
  • Metrics 功能，可以看這篇論文引用了哪些文章，以及哪些文章引用了本文。這是我覺得最實用的功能。
  • 跨平台同步：有網頁版跟單機版（應該使用了 Electron app），也支援行動平台。需要點擊同步來進行註解的更新。
  • 支援共享論文列表（需要對方也用 Readcube）；或者匯出成 BibTex。

BibTeX

BibTeX 是一個與 LaTeX 同樣古老的學術格式，用來記錄多種文檔（書籍、論文等）的基本資料，並讓 LaTeX 論文可以直接通過簡單的引用符號來加入 TeX 檔案中。現在的編輯軟體也都支援呼叫 BibTeX 檔案。BibTeX 就像是一個資料庫，規定了各種類型的文件及其基本資料欄位（名稱、年份等），可以通過一份 BibTeX 檔案搭配格式設定生成不同學會跟期刊要求的 references 格式（此種設定即稱為 style，BibTeX 一開始預設了幾種理工相關的）。

在 LaTeX 文件裡面用下列的敘述啟用，指定格式 IEEEtran：

\begin{document}
\bibliographystyle{IEEEtran}
\bibliography{reference}
\end{document}

Citation Style Language

Citation Style Language 引用文獻樣式語言是 Bruce D’Arcus 在 OpenOffice.org 的 CiteProc 子專案，主要結構是一種 XML。CSL 可以視為現代化的 BibTeX 替代方案。在文書軟體中（特別是 Word 跟 OpenOffice），論文管理軟體通過 CSL 指定的格式，插入論文文件連結，使用者不再需要手動生成、編輯 BibTeX 及其 style 文件。大部分主流的書目文獻管理軟體都有支援。可以搜尋主流格式（例如醫學常用的 AMA），而如果是小眾期刊，則可以直接線上編輯看效果。

不過為了能與筆記軟體 Obsidian 整合，我會續用 BibTeX 工具。

Emacs BibTeX-mode

Emacs 是萬能編輯器（操作系統）；裡面有個歷史悠久的 BibTeX 編輯模式，可以用來生成、編輯 BibTeX 文件。主要用途是整理已經下載好的 BibTeX 供 Obsidian plugin 使用。常用的指令例如

Shortcut Function Description
C-c C-e a bibtex-article add an article entry
C-<down> bibtex-next-entry jump to next entry
C-c C-c bibtex-clean-entry clean the entry

Obsidian BibTex plugin

Citation plugin 用來讀取 BibTeX 格式文件，並產生「接口」供 Obsidian 讀取。

幾個目前提供的功能：

  • 使用模板為單一論文創建筆記（literature note）（快捷鍵：C-S-o）
  • 插入論文作為 reference（快捷鍵：C-S-e）
    • 也可以插入為 markdown 形式的 citation

其中，literature note 可以設定模板，為每篇論文單獨產生已經填充了預設資料的筆記，大幅節省剪貼時間。