澳紐重症醫學會資料科學黑客松心得

這次比賽要感謝北醫管院謝邦昌老師的邀請，跟著上次 TMU-MIT 黑客松的老戰友組隊前往澳洲（其實當時是以 datathon 的方向組團，結果做了醫材）。我個人對資料科學跟醫學影像處理的興趣算蠻強烈的，也做了一段時間的實戰。自從之前覺悟到人只能做重要的事情後就沒有在亂搞些前端設計或 app 類的東西。

這次比賽的單位是澳洲紐西蘭重症醫學會 ANZICS，及他們的重症資料庫（所有的澳洲 ICU 都必須連線，否則不能收住院醫師，同時也規範了各種相關的資料收集格式及法規）。他們的資料庫讓我想到臺灣外傷醫學會的資料庫，有異曲同工之妙。不過雖然 ANZICS Core 所放出的匿名資料集乾淨的程度、資料量都比美國 MIMIC 大，我們在前幾次集訓的時候都不得其門而入哈哈，所以這次還是用 Harvard-MIT 合作產出的 MIMIC-III 做起。

這次比賽的題目是由北醫醫資所的 Shabbir 教授提出的 heart rate varibility HRV，結合其他的題材來做。 本來我想做的抗生素 escalation 相關的應用，也就是何時可能要 escalation，而不需要等 blood culture 出來？又何時可以 de-escalation？ 不過我們後來改成利用比較死亡病患死前兩天內到一小時內的 HRV 來預測接下來的死亡率，目標是贏過 APACHE III！

比賽的感想

• 懂得善用已經造好的輪子 ！其實像前篇貼文所說，MIT-LCP 裏面已經包含了非常多的工具，大部分都是通用的（不止用在 MIMIC 資料庫），而且快又好，例如捕捉心電圖中的 PQRS 就有 gqrs 這套有獲得學術認證的算法。我國考完希望來熟悉這些工具（並爲他們撰寫中文說明，推廣到年輕醫師間），將來若要做生醫訊號或資料庫整合，就不用苦苦的寫計劃、聘研究助理，刻一個不知道正確性的工具。
• 遠端資料處理的重要性。這次最大的問題是四個成員的筆電都不是很適合處理。主要是 MIT-LCP 的工具在 Unix-like 的環境下才能發揮效力，而其他成員的電腦（Mac 沒有裝 xcode command line tool）或者是 Ubuntu 分割區太小裝不下，所以 HRV signal processing 還有部分的資料整合都是在我那裝了 Arch Linux 的一萬元的破爛文書機上跑。我想北醫如果想要大力的發展醫學資料科學，應該建制一套夠強大的伺服器，讓研究員不需要用比較慢速的機器負擔龐大的資料量跟處理、建模計算需求。
• 即時求救 以及 記錄 workflow ！這次跟 MIT 的工程師 Alistair 一起寫了一個下午的 shell script 就是爽，學到了不少他們愛用的工具，在 SQLite、sed & awk、Slack 等各種工具之間來去自如。這次比賽一個重要的進步就是寫我自己在處理過程中的 workflow 說明書及各種 scripting，把工具自動化串在一起，並且注意儲存的位置及檔名格式。賽中也按需求改寫了之前做 matching 的程式。
• 找好自己團隊定位 ：因爲這次比賽有 Shabbir 教授壓陣，他自己除了有 MD license 外，也有豐富的實驗設計經驗，所以這次比賽我的角色定位比較沒有發揮出來（比如說論文的 literature review、上臺 presentation 也結結巴巴的 QAQ）。這些也是賽前應該做好的項目。

這次的一個大缺憾就是太急於寫程式搞出成果，沒有去跟別組交流他們的主題。澳洲黑客松的特色就是下午五點到隔天八點之間不做？是休息時間，應該喝酒吃 pizza ！希望下次還有機會可以在參加類似的比賽！